1、分離程度相對于傳統(tǒng)蒸餾更高，短程分子蒸餾能夠分離常規(guī)不易分開的物質(zhì)。
2、沒有沸騰鼓泡現(xiàn)象，短程分子蒸餾是液層表面上的自由蒸發(fā)，在低壓力下進(jìn)行。因?yàn)橐后w中無溶解的空氣，所以在蒸餾過程中不能使整個(gè)液體沸騰，沒有鼓泡現(xiàn)象。
3、無毒、無害、無污染、無殘留，可得到純凈安全的產(chǎn)物，且操作工藝簡單，使用設(shè)備數(shù)量少。　由于短程分子蒸餾具有蒸餾溫度低于物料的沸點(diǎn)、蒸餾壓強(qiáng)低、受熱時(shí)間短、分離程度高等特點(diǎn)，因而能大大降低高沸點(diǎn)物料和熱敏性物料的分離技術(shù)難度，地保護(hù)了熱敏物料的特點(diǎn)品質(zhì)。該分子蒸餾設(shè)備尤其用于天然保健品等的提取，可擺脫化學(xué)處理方法的束縛，真正保持了的特性。
　　短程分子蒸餾儀的缺點(diǎn)：
　　分子蒸餾設(shè)備價(jià)格相對于傳統(tǒng)蒸餾設(shè)備較高，分子蒸餾裝置使用時(shí)必須保證體系壓力達(dá)到的高真空度，對材料密封要求較高，且蒸發(fā)面和冷凝面之間的距離要適中，造成設(shè)備加工難度較大，成本造價(jià)高。
短程分子蒸餾的優(yōu)點(diǎn)有多，很大程度上取代了傳統(tǒng)蒸餾儀器，比較適合實(shí)驗(yàn)室使用。